proteom

Lidský proteom je „složitější, než se dříve myslelo”

pavelkabrt Genetika-teorie informace Napsat komentář

Jeffrey Tomkins, Ph.D.

(Z www.icr.org přeložil M.T. – 06/2014. Článek vyšel na stránkách ICR)

„Složitější, než se dříve myslelo“ – toto je vždy znovu a často opakovaná věta, která se používala u nových výzkumů při zařazování do katalogu tisíců proteinů produkovaných v rámci lidského genomu1. Tyto zprávy z oblasti biotechnologií byly podpořeny dvěma články z té doby v časopisu Nature, které popisují to, co bylo nazváno prvním hrubým náčrtem lidského proteomu2,3.

Pozn. PK: Proteom je soubor proteinů produkovaných genomem daného organizmu.

Na rozdíl od sekvenování DNA není extrakce, izolace a identifikace proteinů snadným úkolem. K tomu, aby nám poskytly přesný obrázek o velmi rozmanitých proteinech v různých tkáních, musí být stejně tak rozmanité a komplexní i technologie a analytické chemické postupy . Nicméně technologický pokrok i nové vybavení laboratoří dosáhly takové úrovně, že potřebné výzkumy lze realizovat v daleko větším měřítku.

Protože se populace proteinů (typy proteinů a jejich počty) liší tkáň od tkáně, je třeba studovat mnoho různých typů. Jedna studie vycházela ze vzorku 30 různých lidských tkání, zatímco jiná jich použila 27. Ve skutečnosti se však proteinové populace neliší jen podle typu tkáně – tentýž gen, který kóduje určitý typ proteinu, může také vyrábět jeho různé varianty, zvané izoformy. Dokonce i po vytvoření proteinu může být měněn buněčnými mechanizmy tak, aby sloužil různým potřebám; proces takové modifikace nazýváme posttranslační modifikace4. Takže abychom plně pochopili pestrost proteomu, musíme vytvořit katalog proteinů pro všechny tkáně. To je však velmi nelehký úkol, jak poznamenal jeden z vedoucích pracovníků projektu: „lidský proteom je tak rozsáhlý a složitý, že katalog, který badatelé tvoří, nebude nikdy zcela úplný“1.

“Fakt, že 193 proteinů pocházelo ze sekvencí DNA, o kterých se dříve tvrdilo, že jsou zřejmě nekódující znamená, že úplně nerozumíme tomu, jak buňky čtou DNA.”

Snad nejzajímavějším aspektem těchto zmíněných poznatků je objev stovek nových proteinů z těch oblastí lidského genomu, které byly předtím považovány za nekódující odpad. Jeden z článků mluví o 193 takových proteinech, ze kterých je 140 produkováno pseudogeny – tedy kategorie DNA řazené dříve do narušených genů či genomických fosilií; nyní se však ukázalo, že jsou důležitými funkčními znaky genomu2,5. Jak v interview zdůraznil jeden z badatelů: „Tohle byla nejsenzačnější stránka celé studie – nalezení dalších podrobností ve stavbě genomu“ a dále „fakt, že 193 proteinů pocházelo ze sekvencí DNA, o kterých se dříve tvrdilo, že jsou zřejmě nekódující znamená, že úplně nerozumíme tomu, jak buňky čtou DNA, protože je jasné, že zmíněné sekvence přece jen proteiny kódují“1.

Pozn. PK: Nazývejme věci správnými pojmy: Tzv. „pseudogen“ a „odpadní DNA“ byly vytvořeny darwinistickými pseudovědci (=výrobci příběhů), protože to podporovalo jejich evoluční dogma. Darwinisté vytrubovali, že „nějaké nefunkční geny a odpad by přece dokonalý stvořitel nemohl udělat, ale že to naopak jasně odpovídá charakteru evolučních procesů“ – no, jak opět vidíme, neodpovídá! Ještě nedávno byl toto jejich velmi oblíbený argument proti kreacionistům!

S trochu odlišným přístupem našel druhý badatelský tým 430 nových proteinů produkovaných údajnými nekódujícími oblastmi DNA v genomu3. A 404 z těchto proteinů pocházelo z oblastí, které produkují RNA; tyto oblasti jsou umístěny mezi geny, které kódují proteiny, a nazývají se dlouhé intergenní oblasti nekódující RNA (lincRNA)6. Zajímavé je, že jedním z důvodů, proč tento gen dostal jméno lincRNA, je, že údajně tyto geny neprodukují proteiny. Vypadá to, že bude nutno uvažovat o změně této klausule. Či nebylo by lepší rovnou přestavět celé paradigma a učinit základní normou inteligentní plán a biokomplexitu? To dává mnohem větší smysl, uvážíme-li, že se věta „Složitější, než se dříve myslelo“ nyní stala běžnou odpovědí vědců zkoumajících záhady buňky.

Odkazy

  1. Anonymous. 2014. Extensive Cataloging of Human Proteins Uncovers 193 Never Known to Exist. John Hopkins Medicine. Posted on hopkinsmedicine.org May 28, 2014, accessed June 5, 2014.
  2. Kim, M. S. et al. 2014. A draft map of the human proteome. Nature. 509 (7502): 575-581.
  3. Wilhelm, M. et al. 2014. Mass-spectrometry-based draft of the human proteome. Nature. 509 (7502): 582-587.
  4. Analogie: Představme si autovýrobce, který má celou kupu různých konstrukčních výkresů (geny) k vytvoření různých druhů aut (proteiny). Můžeme předpokládat, že vyprodukuje přinejmenším jeden typ auta z každého konstrukčního výkresu, ale tak se nestane. Místo toho výrobce udělá několik změn u každého konstrukčního výkresu, a tak z každého toho konstrukčního výkresu vyrobí celou řadu různých typových variant aut (izoformy). Řekneme si “to je prima, to udělám taky.” Jenže pak, když už je výrobce hotov, přichází jiný výrobce a začíná provádět svoje vlastní úpravy už na těch hotových autech (posttranslační modifikace).
  5. Tomkins, J. 2013. Pseudogenes Are Functional, Not Genomic Fossils. Acts & Facts. 42 (7): 9.
  6. Tomkins, J. 2014. Mouse Study Shows ‘Junk DNA’ Is Actually Required. Creation Science Update. Posted on icr.org January 15, 2014, accessed June 5, 2014.
Subscribe
Upozornit na
0 Komentáře
Inline Feedbacks
View all comments