Jedním ze základních procesů v populační genetice je ztráta genetické variability , ke které dochází v izolované populační skupině s velmi malým počtem jedinců. Poprvé ji plně popsal Ernst Mayr v roce 1942. V důsledku ztráty genetické variability se nová populace může od rodičovské výrazně lišit, jak genotypově tak fenotypově.
Evolucionisté předpokládají, že ve zvlášních případech vede efekt zakladatele ke speciaci a následné evoluci nových druhů – což ale nebylo dosud nikdy pozorováno ani zdokumentováno.
Názorná ukázka efektu zakladatele: u nově vznikající dceřiné populace dochází vždy ke ztrátě genetické variability, nikdy ne naopak. Proto očekávat od tohoto efektu evoluci zcela nových druhů (což předpokládá obrovský nárůst genetické informace), je čirá fantazie.
