Byly retroviry stvořeny jako dobré?

Dr. Yingguang Liu

(vyšlo 20. prosince 2006 na Answers in Genesis, přeložil M. T. – srpen 2009

Souhrn

Retroviry, které nejsou normálně přítomny u zdravých hostitelů, nazýváme viry exogenními, zatímco sekvence DNA v buněčných genomech, které jsou homologické s retroviry, nazýváme endogenními retroviry (ERVs). Zatímco tvrzení, že všechny ERVs jsou zbytky infekce v zárodečné linii, se zdá být logické, existují i skutečnosti svědčící proti endogenizační teorii jako třeba xenotropní ERVs a bytostná důležitost některých ERVs v hostitelově fyziologii. Syncytiny, produkty genu env HERV-W a HERV-FRD, přispívají k vývoji lidské placenty. Podobné geny nalézáme i u myší a ovcí. Přitom bylo prokázáno, že ovčí geny ERV jsou nezbytné pro rozmnožování ovcí. Navíc, regulace lidského genu pro syncytin-1 vyžaduje složitou regulační síť zahrnující jak virové tak hostitelské faktory. Závěr: Zatímco neporušené ERVs s pozičním polymorfizmem jsou patrně kopie exogenních virů v zárodečné linii, ERVs se stálou polohou a stálými přínosnými geny byly patrně zabudovány do hostitelského genomu v době stvoření. Exogenní retroviry byly patrně stvořeny na pomoc ERVs a k přenášení užitečných genů mezi hostiteli.

• Env = mj. též strukturní gen viru HIV. Kóduje glykoprotein v obalu (gp 160), který se štěpí na gp 120 a gp 41 (pozn. překl.)

Retroviry: exogenní a endogenní

Hlavním dosud známým přínosem virů je ekologická role při horizontálním přenosu genů (transdukce DNA) bakteriofágy (1, 2). Tyto viry umožňují bakteriím sdílet výhodné znaky jako třeba odolnost vůči antibiotikům. Jedinou čeledí virů, o níž je známo, že přenášejí geny mezi eukaryotními organizmy (jako třeba obratlovci), jsou retroviry. Retroviry jsou viry, které mají jako svůj genom RNA, vytvářejí však kopie DNA v nakažené buňce. Jsou podobné některým bakteriofágům (temperovaným fágům) v tom, že oba vkládají svůj genetický materiál (provirus DNA) do hostitelských buněčných chromozomů. Tato integrace virové a buněčné DNA zvyšuje šance přenosu buněčných genů sousedících s provirem. O některých retrovirech je známo, že přenášejí nádorové geny (onkogeny) do nového hostitele, což, jelikož to podporuje bujení nakažené buňky, často způsobí v organizmu katastrofu.

Zatímco temperované fágy vkládají do hostitelského chromozomu pouze jedinou kopii proviru, mohou retroviry vložit více kopií provirů do různých míst téhož hostitelského genomu. Integrace provirů do buněk zárodečné linie hostitele (buněk, z nichž se vyvíjejí vajíčka či spermie) přinese dědičné retroviry (3). Na druhé straně, genomy všech obratlovců i lidí chovají četné kopie retrovirů endogenních (ERVs), sekvencí DNA, které mají geny a genové organizace homologické s retrovirovými. ERVs dokonce představují asi 8% lidského genomu, část mnohem větší než je součet všech genů s jedinou kopií (4). Zatímco některé ERVs jsou vyjádřeny a některé dokonce nahloučeny do nitrobuněčných virových částic, většina jich je nevýrazná a jsou jen vzácně přenášeny horizontálně. S ohledem na to nazýváme retroviry, které nejsou normálně přítomny u zdravých hostitelů, retroviry exogenními. Jsou ERVs degenerovanými kopiemi exogenních virů v zárodečné linii, které kdysi nakazily předky hostitelů?

Důkazy podporující teorii endogenizace jako zdroj původu ERVs zahrnují tyto položky: (1) Moderní exogenní viry mohou infikovat zárodečnou linii a být děděny jako vlastní geny hostitelovy (3). (2) Některé endogenní viry jsou schopny replikace a nakažlivé. Když byly izolované viry murinní leukémie (MuLV, endogenní myší retrovirus) naočkovány novému hostiteli, byly jejich proviry schopny kolonizovat genom příjemce (5). (3) Polymorfizmus (variace) chromozomálních poloh jednoho ERV mezi jedinci téhož druhu napovídá nezávislé endogenizační události. Například proviry koalího retroviru (KoRV) nalézáme na různých místech u různých zvířat (6). (4) Polymorfizmus alelové frekvence (variace v četnosti výskytu jedné sekvence DNA mezi populacemi) naznačuje nedávnou endogenizaci. KoRV se vyskytuje u koal v severní Austrálii, ale nevyskytuje se u některých zvířat v Austrálii jižní (6). Podobně HERV-K113, provirus přítomný na lidském chromozomu 19p13.11, je vzácný mezi Kavkazany a častější mezi Afričany, Asijci a Polynésany (7). (5) Záporný vztah mezi stupni polohového polymorfizmu a polymorfizmu sekvenčního je v souladu s hypotézou endogenizace-degenerace. ERVs s trvalými chromozomálními polohami (menší polohový polymorfizmus) vykazují často větší polymorfizmus sekvenční se zhoubnými mutacemi a rozdíly mezi 5´a 3´ sekvencemi dvouvláknové DNA (LTRs), což soustavně svědčí pro hypotézu, že virus nakazil raného předka a zdegeneroval během své dlouhé historie (, zatímco proviry s proměnlivými polohami jako třeba KoRV jsou často nedotčené a nakažlivé, což svědčí o nedávné či pokračující endogenizaci.

• LTR = long terminal repeat, sekvence dvouvláknové DNA, vyskytuje se na koncích genomu retrovirů
  5´= five prime, angl. pět s čárkou, označení konce nukleové kyseliny (DNA, RNA)
  3´= three prime, angl. tři s čárkou, označení konce nukleové kyseliny; prime = čárka u matematických symbolů – A´= A prime, A´´ = A second, A´´´= A third (pozn. překl.)

Existují však zajímavá fakta svědčící proti teorii endogenizace. (1) Endogenizaci moderních exogenních retrovirů pozorujeme v přírodě jen vzácně. (2) Většina moderních ERVs se aktivně nepřemísťuje (nekoluje ani se nezdvojuje) v genomu hostitelské buňky. Zdá se, že přinejmenším všechny lidské ERVs jsou stálé co do počtu i polohy; ovšem některé ERVs myší jsou schopné rozpínání v hostitelském genomu. Jsou lidské ERVs starší a proto degenerovanější a méně aktivní? Je-li lidská rasa mladší než rasa myší, jak věří evoluční biologové, není zde důvod předpokládat, že lidské ERVs jsou starší než ERVs myší. (3) Xenotropní ERVs jsou přítomny v buňkách, které pro ně nemají receptor. Místo toho obalové (env) proteiny těchto ERVs váží receptory na buňkách jiných zvířat (. Jak se tyhle ERVs dostaly do buňky, nebyly-li do ní zabudovány? Nepřekvapí nás pak, čteme-li spekulace jako je tahle v knize Retroviry, „Bibli“ retrovirologie: „Je pravděpodobné, že se xenotropní viry původně vestavěly do zárodečné linie v hostitelově pozadí, které kódovalo jejich analogický receptor, ale že funkční alela xenotropního virálního receptoru byla následně ztracena, patrně pod selekčním tlakem exogenních xenotropních virů“ (9). Termínu „exogenní xenotropní virus“ je těžké porozumět, ne-li jako contradictio in adiecto. (4) Zásadně přínosné funkce některých ERVs a neredukovatelně složitá koordinace mezi ERVs a sekvencemi DNA hostitele hovoří proti možnosti získání ERVs v průběhu vývoje následovaném kladným výběrem (viz dále). (5) Existence četných sólových LTRs v genomech svědčí o retrovirových delecích, které mohou vysvětlovat frekvenční polymorfizmus některých ERVs mezi populacemi. Jinými slovy, frekvenční polymorfizmus je známkou toho, že sekvence se ztrácejí místo aby byly díky endogenizaci přidávány.

• Delece = ztráta; druh chromozomové aberace, při níž chybí část chromozomu vč. příslušných genů na ní uložených, což způsobuje závažné poruchy. (pozn. překl.)

Syncytiny: přínos endogenních retrovirů pro hostitele

Klikni pro zvětšení

U retroelementů včetně ERVs je běžně potlačováno vyjadřování či přemísťování rozsáhlou methylací DNA, RNA interferencí, tvorbou heterochromatinu atd., aby se udržela genomická stabilita buňky. Neschopnost buňky kontrolovat ERVs může vést k mutacím nebo nemocem (8, 10, 11). A skutečně, nenáležitá aktivace endogenních retrovirů je spojována s mnoha druhy rakoviny a autoimunních poruch u lidí (11). Komplexní vzájemné ovlivňování mezi retroelementy a mechanizmy tlumícími geny naznačuje, že ERVs jsou integrálními součástmi genomu.

• RNA interference (zkr. RNAi) = mechanismus inhibice genové exprese využívající dvouvláknovou RNA (dsRNA) schopnou párování s určitým genem, pův. asi mechanismus protivirové obrany (prokázaný zatím u nižších živočichů). RNAi se považuje za druh „nitrobuněčné imunity“, která mj. inhibuje pohyb transpozonů. Za objev tohoto mechanizmu získali Craig Mello a Andrew Fire v r. 2006 Nobelovu cenu.
• Heterochromatin = silně barvitelný chromatin v kondenzovaném stavu. V heterochromatinovém stavu je chromatin transkripčně inaktivní, neboť pro transkripci je nutná dekondenzace.

Některé z těchto genetických prvků jsou však exprimovány (vyjadřovány) v určitých stadiích hostitelova života s přínosem pro hostitele. Bylo zaznamenáno několik příkladů přínosných ERVs. (1) Regulace, hlavně ve smyslu aktivace, sousedních (downstream) genů během embryonálního vývoje myši (12). (2) Regulace lidských genů exprimovaných v placentě (např. pleiotropinu) i somatických tkáních (např. apolipoproteinu C1 v játrech a beta-amylázy ve slinné žláze) (8, 13). (3) Imunomodulace, včetně nastolení imunotolerance vůči tělu vlastním antigenům a imunizace proti exogenním retrovirům (8, 13). (4) Protein env HERV-W a HERV-FRD sloužící jako fúzogenní (spojovací) faktory (syncytiny) během vývoje lidského trofoblastu (14, 15). (5) Další úlohy jako třeba organizace savčí tkáně (16). Mnoho z těchto genů je exprimováno během celogenomové DNA demethylace při gametogenezi (tvorbě vajíček či spermií) a embryonálním vývoji, proto jsou důležité pro rozmnožování.

• Downstream = angl. dolů, po proudu. Označují se tak přeneseně děje či látky, které následují po určitém bodu či procesu, distálně od něj (např. v metabolických dějích, transdukčních cestách). Opak: upstream. (pozn. překl.)
• Apolipoprotein (zkr. apo) = bílkovina tvořící součást pláště lipoproteinu, umožňuje přenos ve vodě nerozpustných tuků krví. Apolipoprotein C1 aktivuje LCAT – lecithin- cholesterolacyltransferázu, enzym syntetizovaný v játrech, katalyzující esterifikaci cholesterolu, přičemž mastná kyselina je přenášena z 2. pozice na lecithinu. (pozn. překl.)

Amyláza = trávicí enzym, který štěpí dlouhé molekuly některých sacharidů (zejm. škrobu) na menší a umožňuje tak jejich vstřebání. Je zejm. ve slinách a ve šťávě produkované slinivkou břišní.

Vysvětlení některých pojmů

(viz též slovníček na konci článku):

hCG (HCG) = lidský (humánní) choriogonadotropin. Glykoproteinový hormon obdobný LH vznikajícímu v hypofýze, který produkuje v průběhu těhotenství spolu s dalšími hormony placenta. Na jeho prokázání je založena řada testů na stanovení těhotenství. (pozn. překl.)

Gonadotropiny (gonadotrofiny) = dva hormony předního laloku hypofýzy, které řídí činnost pohlavních žláz (tvorbu pohlavních hormonů a vyzrávání pohlavních buněk). Patří k nim FSH a LH. (pozn. překl.)

progesteron, cAMP = angl. zkr. pro cyklický adenosinmonofosfát. Druhý posel, přenášející účinky hormonů do buňky. Transkripční faktory = proteiny, které se spolupodílejí na iniciaci transkripce. Vážou se na jednotlivé elementy promotoru, čímž usnadňují vazbu příslušné RNA-polymerázy. LTR (viz vysvětlení v textu). Gag = mj. strukturní gen viru HIV. Kóduje některé proteiny obsažené uvnitř částice –p55 (z něhož vzniká p24 a p17) a p15, z něhož vznikají proteiny uvnitř kapsidy (p7, p9). Pol = mj. strukturní gen viru HIV. Kóduje enzymy (reverzní transkriptázu-p51, integrázu, proteinázu, ribonukleázu). Env (syncytin-1) – viz vysvětlení v textu.

Probíhá intenzívní výzkum funkce a regulace syncytinů, zejména syncytinu-1, což je env (obalový) protein HERV-W. Syncytin-1 je důležitý pro tvorbu syncytiotrofoblastu (vrstvy spojených buněk, která proniká stěnou dělohy a pak se vyvíjí v části placenty) a jeho vyměšování lidského chorionického gonadotropinu (hCG) (15). Účinná tkáňově specifická exprese syncytinu-1 vyžaduje na téže straně (cis) působící prvky jak v 5´ LTR HERV-W tak v hostitelových sekvencích (včetně stimulátoru) proti proudu – upstream ERV (17).

• Chorion = vnější zárodečný obal plodu, blána klkatá (pozn. překl.)
• Cis = poloha na téže straně. V genetice dva úseky DNA ležící na témže z obou párových chromozomů. Opak trans. (pozn. překl.)

Hostitelův stimulátor (promotor) převádí specificitu placenty do exprese genu pro syncytin, s vaznými místy reagujícími s cAMP/PKA a předpokládanými vaznými místy pro AP-2, Sp-1 a GCMa, což jsou všechno proteinoví činitelé účastnící se vývoje embrya (18, 19). GCMa je tkáňově specifické a bylo prokázáno, že aktivuje přepis (transkripci) genu pro syncytin-1 (20). Zatím jsou tyhle transkripční faktory pod kontrolou hostitelových sexuálních hormonů jako třeba progesteronu. Jsou-li syncytiny skutečně zásadní pro lidské rozmnožování, pak se zdá, že jsou součástmi nezjednodušitelně složitého systému, které musí být vytvořeny společně, aby plnily zamýšlenou funkci (obrázek 1).

• Promotor = část DNA v blízkosti genu (RNA sekvence bází, které mají specifické vazební body pro RNA-polymerázu), která se podílí na regulaci jeho exprese. (pozn. překl.)

Sp-1 = eukaryotický transkripční faktor, váže se k GC-boxu. Zvyšuje sílu příslušného promotoru prostřednictvím TAF-faktoru.

Nedávno bylo prokázáno, že geny ERV env podobné syncytinům jsou zásadní pro vývoj placenty u ovcí (22). Potlačení těchto „virových“ genů mělo za následek potrat téměř u všech zvířat. Autoři zprávy však stále věřili v endogenizaci těchto genů a spekulovali, že „je pravděpodobné, že některé z hostitelových mechanizmů řídících rozmnožovací procesy (před endogenizací) se mohly vytratit později během evoluce.“ Argument je podobný shora citovanému vysvětlení xenotropních ERVs, jelikož oba pracují se „ztracenými“ prvky, které pravděpodobněji nikdy neexistovaly.

Sekvence DNA pro syncytin-1 jsou zachovány u hominidae, ale zdegenerovaly, jak se zdá, u opic Starého světa (23). Zatímco o opičích genomech je známo málo, máme k dispozici úplné sekvence genomu myšího. Myšovití (muridae) nemají geny ortologické (přímo příbuzné) se syncytiny ERV, avšak mají nepříbuzné ERVs, jejichž geny env kódují podobné proteiny během vývoje placenty (24). S ovcemi se mají věci podobně (22). Evoluční biologové nazývají tenhle jev konvergentním vývojem a předpokládají, že hominidae, muridae a bovidae byly nezávisle na sobě nakaženy různými ERVs, což skončilo tím, že se ERVs spojily podobným způsobem pro podobný účel v podobných tkáních poté, co se uvedené čeledi oddělily od společného savčího předka. Kreacionisté se domnívají, že člověk, myš i ovce byli stvořeni s podobným schématem ohledně tvorby syncytiotrofoblastu, ale byly užity různé virové materiály.

Retrofekce: možný přínos transdukce prostřednictvím retrovirů

Kromě přínosné role ERVs ještě exogenní retroviry přenášejí jiné buněčné nukleové kyseliny než onkogeny. Zatímco bakteriofágy vstupují do hostitelské buňky přesunem (translokací) nukleové kyseliny (do buňky vstupuje pouze virová DNA či RNA), pronikají do ní retroviry splynutím membrán, což umožňuje virovým proteinům a čemukoli zabalenému do virionu pronikat do buňky. Buněčné molekuly RNA jsou často zabaleny do retroviru a přemístěny do buněk jiných.

• Virion = virová částice (zralá, infekční) nacházející se mimo buňku. Je odpovědná za přenos virové infekce (pozn. překl.)

Reverzní transkripce uvnitř virové částice během raných stadií životního cyklu viru je doprovázena vysokým výskytem rekombinací, jejichž důsledkem je chimerická DNA, zčásti virová a zčásti buněčná, která je pak integrována do chromozomů nového hostitele. Tento proces nazýváme retrofekcí. Retrofikované buněčné geny (retrogeny) mají běžnou 16 nukleotidovou signaturovou sekvenci (25).

• Reverzní transkripce = přepis z RNA na DNA, postup opačný k běžné transkripci v buňkách. Využívají jej některé viry (retroviry), které obsahují enzym reverzní transkriptázu. (pozn. překl.)
• Rekombinace = umělé spojení dvou druhů DNA. Také nová kombinace znaků v uspořádání vloh křížence (ve srovnání s jeho rodiči) (pozn. překl.).

Virové LTR mohou sloužit jako vnitřní promotory pro expresi retrogenů. Příkladem retrogenu je gen pro 7S L RNA, součást částice k rozpoznávání cytoplasmatických signálů (26). Protože laboratorní modely retrofekce vyžadovaly lidské vzorky, čeká přirozená role retrovirů v horizontálním přenosu genů stále na solidnější důkazy. Bohužel z téhle oblasti výzkumu nepřicházejí od počátku 90. let 20. století žádné další zprávy.

Závěr

Spíše než aby byly přidány během evoluce náhodnou endogenizací exogenních infekčních činitelů, byly jistě alespoň některé ERVs zahrnuty do počátečního plánu eukaryotického života. ERVs s pevnými polohami v chromozomech jsou pravděpodobněji integrálními součástmi hostitelova genomu vytvořenými v hostiteli, zatímco nedotčenější ERVs s polohovým polymorfismem jsou zřejmě kopiemi exogenních virů v zárodečné linii. Degenerativní povaha mutace znemožňuje vývoj infekčních virů z ERVs. Exogenní viry byly zřejmě vytvořeny zároveň se svými endogenními protějšky během Týdne Stvoření. Přenos a šíření infekčních retrovirů mezi hostitelskou populací patrně pomáhaly při udržování endogenních virových sekvencí cestou rekombinace, způsobem podobným rekombinantní opravě DNA a moderní genové terapii. (A skutečně, retroviry se užívají jako klasické vektory v genové terapii kvůli své schopnosti integrovat se do hostitelských chromozomů.) Interakce mezi endogenními a exogenními retroviry byly zřejmě v době vytváření dokonale regulovány.

• Vektory (přenašeče) = elementy dědičné hmoty (DNA), které jsou schopny samostatného množení ve svém hostiteli a do nichž je možné vkládat požadované úseky DNA. (pozn. překl.)

Kromě toho hrály zřejmě infekční retroviry úlohu v horizontálním přenosu genů, který byl ekologicky výhodný. Inzertní (vkladová) mutageneze, tvoření genů v-onc jakož i přenos onkogenů jsou spíše špatně regulovanými biologickými jevy prováděnými retroviry po Pádu či dokonce po Potopě, kdy se Bůh rozhodl zkrátit dobu trvání lidského života. Z podobných důvodů neočekáváme, že by nákaza moderními exogenními viry v zárodečné linii přinášela hostiteli výhody, ať už na úrovni jedince nebo na úrovni druhu.

Slovníček

Bakteriofág: virus, který nakazí bakterie; také zvaný fág.

Cis-působící prvek: sekvence DNA sousedící s genem, které obsahují cílová místa pro transkripční faktory tvořené proteinem. Též dva úseky DNA ležící na témže z obou párových chromozomů.

DNA methylace a demethylace: přidání a odebrání methylové skupiny (-CH3) na uhlíku číslo 5 v cytosinu. Methylované geny jsou zpravidla potlačeny zatímco demethylace je spojována s aktivací. Methylace je katalyzována methylázami, enzymy ze skupiny transferáz.

Endogenní retrovirus: sekvence buněčné DNA, které mají geny a genové organizace podobné genům infekčních retrovirů.

Enhancer: stimulátor, zdokonalovací látka, zušlechťovací prostředek, zařízení zlepšující funkčnost/zvyšující užitnou hodnotu. Cis-působící prvek se soustředěnými vaznými místy pro mnohonásobné transkripční faktory. Enhancer upravuje expresi sousedního genu a pro mnoho genů je skutečně nezbytný.

Exogenní retroviry: infekční retroviry, které běžně nejsou zastoupeny u zdravých hostitelů.

Gametogeneze: tvorba vajíček nebo spermií ve vaječnících či varlatech.

Genom: veškeré geny organizmu.

Irreducible complexity (nezjednodušitelná složitost): „jediný systém složený z několika dobře sladěných, vzájemně spolupracujících částí, které přispívají k základní funkci a v němž odstranění jakékoli součásti způsobí, že systém přestane účinně fungovat.“ (27)

Long terminal repeat (LTR): totožné sekvence DNA na obou koncích proviru.

Mutageneze: tvorba mutací.

Onkogeny: geny, které způsobují nádor, často rakovinu.

Polymorfizmus (genetický polymorfizmus): proměnlivost sekvencí DNA na jisté pozici genomu.

Provirus: kopie DNA virového genomu (což může být DNA či RNA ve virových částicích), která je integrována do hostitelova chromozomu.

Replikace: pomnožení viru v hostitelově buňce (též kopírování DNA).

Retroelement: také retropozon, genetické prvky, které mohou měnit pozice na chromozomech přes kopii RNA. Zahrnují endogenní viry a další jednodušší repetitivní sekvence DNA.

Retrofekce: retrovirus zabalí molekuly buněčné nukleové kyseliny a dopraví je do nového hostitele, což vyústí do horizontálního přenosu genetické informace.

Syncytiotrofoblast: vnější vrstva embrya, vyvinutá splynutím jednotlivých buněk do jednoho obřího syncytia obsahujícího početná jádra. V pozdějším stadiu vývoje ho nazýváme chorion. Vyrůstají z něj větve, které se šíří po děložní stěně a nakonec vytvoří placentu. Prvotním úkolem syncytiotrofoblastu je rozpouštění sliznice dělohy a vstřebávání produktů štěpení, které slouží k výživě zárodku.

Temperovaný fág: bakteriofág, který integruje svůj genom do hostitelova chromozomu. Může zůstávat v buňce po generace, aniž ji zabije.

Transkripční faktor: proteinový faktor, který se váže na cis-působící prvky DNA, aby reguloval expresi genu.

Transdukce (přenos): virus přenese část hostitelova genomu do další buňky. Proces analogický tomu, jak komár přenáší malarického parazita mezi lidmi.

Transpozice: změna v poloze sekvence DNA uvnitř genomu, nalepením vystřižením či nalepením kopie.

Transpozon: sekvence DNA schopná změnit lokalizaci v genomu, tzv. „pohyblivý gen“. Transpozony jsou příčinou mutací, mohou vyvolávat maligní bujení, zdravá buňka patrně inhibuje pohyb transpozonu mechanizmem RNA interference. Z evolučního hlediska je zajímavý fakt , že transpozony postupně zvyšují celkový objem DNA.

Xenotropie: neschopnost nakazit buňky druhu, kde se nalézá endogenní virus, a schopnost nakazit buňky druhů jiných.

O autorovi

Dr. Yingguang Liu získal své vzdělání Ph.D. v biologických vědách na univerzitě v Ohiu. V současné době pracuje jako vědecký pracovník na baptistické biblické vyšší škole Maranatha.

Odkazy

1. Bergman, J., Did God make pathogenic viruses? Creation Ex Nihilo Technical Journal 13: 115-125, 1999.
2. Chibani-Chennoufi, S., Bruttin, A., Dillmann, M.L., and Brussow, H., Phage-host interaction: an ecological perspective, Journal of bacteriology 186: 3677-3686, 2004.
3. Jaenisch, R.F., Germline integration and Mendelian transmission of the exogenous Moloney leukemia virus, Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 73: 1260-1264, 1976.
4. Lewin, B., Genes VIII, Pearson Education, Inc., Upper Saddle River, NJ., pp. 505, 2004.
5. Jaenisch, R.F., Germline integration and Mendelian transmission of the exogenous Moloney leukemia virus, Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 73: 1260-1264, 1976.
6. Lock, L.F., Keshet, E., Gilbert, D.J., Jenkins, N.A., and Copeland, N.G., Studies of the mechanism of spontaneous germline ecotropic provirus acquisition in mice, The EMBO Journal 7: 4169-4177, 1988.
7. Tarlinton, R.E., Meers, J., and Young, P.R., Retroviral invasion of the koala genome, Nature 442:79-81, 2006.
8. Tarlinton, R.E., Meers, J., and Young, P.R., Retroviral invasion of the koala genome, Nature 442:79-81, 2006.
9. Turner, G., Barbuscu, M., Su, M. Jensen-Seaman, M.I., Kidd, K.K., and Lenz, J., Insertional polymorphisms of full-length endogenous retroviruses in humans, Current biology 11:1531-1535, 2001.
10. Coffin, J.M., Retroviridae: the viruses and their replication; in: Field, B.N., Knipe, D.M., Howley, P.M., Chanock, R.M., Melnick, J.L., Monath, T.P., Roizman, B., and Straus, S. E. (eds.), Fields Virology, 3rd ed, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, PA, pp. 1767-1847, 1996.
11. Coffin, J.M., Retroviridae: the viruses and their replication; in: Field, B.N., Knipe, D.M., Howley, P.M., Chanock, R.M., Melnick, J.L., Monath, T.P., Roizman, B., and Straus, S. E. (eds.), Fields Virology, 3rd ed, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, PA, pp. 1767-1847, 1996.
12. Coffin, J.M., Hughes, S.H., and Varmus, H.E., Retroviruses, Cold Spring Harbor Laboratories Press, Plainview, Plainview, NY., p. 77, 1997.
13. Coffin, J.M., Retroviridae: the viruses and their replication; in: Field, B.N., Knipe, D.M., Howley, P.M., Chanock, R.M., Melnick, J.L., Monath, T.P., Roizman, B., and Straus, S. E. (eds.), Fields Virology, 3rd ed, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, PA, pp. 1767-1847, 1996.
14. Druker, R. and Whitelaw E., Retrotransposon-derived elements in the mammalian genome: a potential source of disease, Journal of Inherited Metabolic Disease 27: 319-330, 2004.
15. Schulz, W.A., Seinhoff, C., and Flori, A.R., Methylation of endogenous retroelements in health and disease, Current Topics in Microbiology and Immunology 310: 211-250, 2006.
16. Schulz, W.A., Seinhoff, C., and Flori, A.R., Methylation of endogenous retroelements in health and disease, Current Topics in Microbiology and Immunology 310: 211-250, 2006.
17. Peaston A.E., Evsikon, A.V., Graber, J.H., de Vries, W.N., Holbrook, A.E., Solter, D., and Knowles, B.B., Retrotransposons regulate host genes in mouse oocytes and preimplantation embryos, Developmental cell 7:597-606, 2004.
18. Coffin, J.M., Retroviridae: the viruses and their replication; in: Field, B.N., Knipe, D.M., Howley, P.M., Chanock, R.M., Melnick, J.L., Monath, T.P., Roizman, B., and Straus, S. E. (eds.), Fields Virology, 3rd ed, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, PA, pp. 1767-1847, 1996.
19. Bannert, N. and Kurth, R., Retroelements and the human genome: New perspectives on an old relation, Proceedings of the National Academy of Science, USA 101: 14572-14579, 2004.
20. Coffin, J.M., Retroviridae: the viruses and their replication; in: Field, B.N., Knipe, D.M., Howley, P.M., Chanock, R.M., Melnick, J.L., Monath, T.P., Roizman, B., and Straus, S. E. (eds.), Fields Virology, 3rd ed, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, PA, pp. 1767-1847, 1996.
21. Bannert, N. and Kurth, R., Retroelements and the human genome: New perspectives on an old relation, Proceedings of the National Academy of Science, USA 101: 14572-14579, 2004.
22. Mallet, F., Oliver, B., Prudhomme, S., Cheynet, V., Oriol, G., Bonnaud, B., Lucotte, G., Duret, L., and Mandrand, B., The endogenous retroviral locus ERVWE1 is a bona fide gene involved in hominoid placental physiology, Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 101: 1731-1736, 2004.
23. Frendo, J.L., Olivier, D., Cheynet, V., Blond, J.L., Bouton, O., Vidaud, M., Rabreau, M., Evain-Brion, D., and Mallet, F., Direct involvement of HERV-W Env glycoprotein in human trophoblast cell fusion and differentiation, Molecular and Cellular Biology 23:3566-3574, 2003.
24. Matsui, T., Kinoshita-Ida, Y., Hayashi-Kisumi, F., Hata, M., Matsubara, K., Chiba, M., Katahira-Tayama, S., Morita, K., Miyachi, Y., and Tsukita, S., Mouse homologue of skin-specific retroviral-like aspartic protease (SASPase) involved in wrinkle formation, The Journal of Biological Chemistry Jul 12; [Epub ahead of print], 2006.
25. Frendo, J.L., Olivier, D., Cheynet, V., Blond, J.L., Bouton, O., Vidaud, M., Rabreau, M., Evain-Brion, D., and Mallet, F., Direct involvement of HERV-W Env glycoprotein in human trophoblast cell fusion and differentiation, Molecular and Cellular Biology 23:3566-3574, 2003.
26. Prudhomme, S., Oriol, G, and Mallet, F., A retroviral promoter and a cellular enhancer define a bipartite element which controls env ERVWE1 placental expression, Journal of Virology 78: 12157-12168, 2004.
27. Echert, D., Buhl, S., Weber, S., Jager, R., and Schorle, H., The AP-2 family of transcription factors, Genome Biology 6(13):246, 2005
28. Zhao, C., and Meng, A., Sp1-like transcription factors are regulators of embryonic development in vertebrates, Development, Growth, & Differentiation 47(4):201-11, 2005.
29. Yu, C., Shen, K., Lin, M., Chen, P., Lin, C., Chang, G., and Chen, H., GCMa regulates the syncytin-mediated trophoblast fusion, The Journal of Biological Chemistry 277: 50062-50068, 2002.
30. Okulicz, W.C. and Ace, C.I., Temporal regulation of gene expression during the expected window of receptivity in the rhesus monkey endometrium, Biology of Reproduction 69:1593-1599, 2003.
31. Dunlap, K.A., Palmarini, M., Varela, M., Burghardt, R.C., Hayashi, K., Farmer, J.K, and Spencer, T.E., Endogenous retroviruses regulate periimplantation placental growth and differentiation, Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 103: 14390-14395, 2006.
32. Caceres, M., NISC Comparative Sequencing Program, and Thomas, J.W., The gene of proviral origin syncytin-1 is specific to hominoids and is inactive in old world monkeys, The Journal of Heredity 97: 100-106, 2006.
33. Dupressoir, A., Marceau, G., Vernochet, C., Benit, L., Kanellopoulos, C., Sapin, V., Heidmann, T., Syncytin-A and syncytin-B, two fusogenic placenta-specific murine envelope genes of retroviral origin conserved in Muridae, Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 102: 725-730, 2005.
34. Dunlap, K.A., Palmarini, M., Varela, M., Burghardt, R.C., Hayashi, K., Farmer, J.K, and Spencer, T.E., Endogenous retroviruses regulate periimplantation placental growth and differentiation, Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 103: 14390-14395, 2006.
35. Levine, K.L., Steiner, B., Johnson, K., Aronoff, R., Quinton, T.J., and Linial, M.L., Unusual features of integrated cDNAs generated by infection with genome-free retroviruses, Molecular and Cellular Biology 10: 1891-1900, 1990.
36. Hajjar, A.M., and Linial, M.L., Characterization of a unique retroviral recombinant containing 7S L sequences, Journal of Virology 67: 7677-7679, 1993.
37. Behe, M.J., Darwin’s Black Box, The Free Press, NY., p. 39, 1996.